Saint-Jean a fixé les orientations concernant les ressources devant être affectées à chaque type de dépenses :
- La gestion de l’exploitation courante des établissements (maisons d’accueil et centre de soins) est, en principe, équilibrée ; les financements sont assurés soit par les résidents, soit par certaines caisses sociales ou par des subventions accordées par la Caisse Nationale d’Assurance Maladie.
- Les investissements sont financés avec l’aide des grandes fondations et des partenaires réguliers de Saint-Jean ainsi que par fonds propres, notamment ceux issus de la Fondation Saint-Jean.
- Les actions de solidarité en France et à l’étranger sont financées exclusivement par les donateurs réguliers ; ces financements concernent notamment :
- des subventions accordées à certains résidents des maisons d’accueil Saint-Jean,
- un soutien à l’organisation de camps humanitaires,
- le financement de camps et week-ends pour personnes handicapées,
- le financement des médicaments et des salaires du centre de soins de Madagascar,
- l’accompagnement social (hébergement, nourriture) des malades du diabète traités au centre Saint-Jean,
- le financement du programme Fil Rouge (études et mentorat),
- les actions de formation pour les bénévoles Saint-Jean.